لازم به ذكر است كه مجموع آثار بجامانده از آقا على مدرس ( اعم از نسخ اصل و غير آن ) بيست و هشت اثر كوتاه و بلند است ، كه دو اثر آن تقرير دروس و مناظرات معظم له است ، ما در مقدمه هر جلد به نحوهء انتساب هر اثر به حكيم مؤسس اشاره خواهيم كرد . در ضمن اين 28 اثر دو مورد را وارد نكرديم : يكى تعليقات شرح باب حادى عشر ( نسخهء خطى شمارهء 1700 كتابخانهء مجلس بهارستان ) به فارسى و عربى و با امضاى « مدرس » . شلوغى نسخه ، خط و شيوهء نگارش و مهمتر از همه سطح مطالب حكايت از آن دارد كه در صورت صحّت انتساب اثر به حكيم مؤسس ، متعلق به دورهء « نوجوانى » آقا على است « 1 » ، لذا از درج آن در مجموعهء مصنفات خوددارى كرديم . ديگرى نيز چند ذكر و منطر مختصر به نقل از استاد آقا على مدرس از ميرزا مجيد به نقل از كتاب سيد حسين اخلاطى ( نسخهء خطى شمارهء 629 كتابخانه مجلس بهارستان ) كه به دليل اينكه از منقولات از ديگران است نه از مصنفات و تأليفات آقا على ، از نقل آن صرف‌نظر كرديم . « 2 » 5 . آثار مفقودهء آقا على در تفحص از آثار حكيم مؤسس با سه عنوان مقطوع الاستناد و مفقود الاثر برخورده‌ايم : 1 - « رساله در اينكه منطق از علوم حكميه است » نام اين رساله در رسالهء خود نوشت سرگذشت آمده ، حجم اين رساله نيز در همانجا « تخمينا سه هزار بيت » ذكر شده است ( يعنى دو برابر رسالهء سبيل الرشاد و سه هشتم كتاب بدايع الحكم ) . از اين رسالهء حجيم و ارزشمند منطقى حكمى هيچ عين و اثرى بدست نياورده‌ام .

--> ( 1 ) . « برهامش بسيارى از صفحات ، حاشيه‌هايى از حكيم مزبور به امضاى مدرس موجود است . تعليقاتى نيز بدون امضا است . بيشتر اين تعليقات فارسى است و زير آنها نوشته شده : سمع يا كذا سمع من استادى رحمه الله تعالى . به نظر نگارنده اين تعليقات نيز از حكيم مزبور است و از اين نظر نسخه‌اى نفيس به شمار مىرود . . . » عبد الحسين حائرى ، فهرست كتابخانهء مجلس شوراى ملى ، تهران ، 1345 ش ، جلد پنجم ص 31 - 32 . واضح است كه نفاست نسخه حيثيت‌هاى متفاوتى دارد . ( 2 ) . توصيف اين نسخه در جلد 22 ص 332 فهرست نسخ خطى كتابخانه مجلس آمده است .